La película constituye un homenaje a la naturaleza salvaje y a los parajes del pantano Kefenokee (Georgia), en unos momentos en los que diversas iniciativas privadas trataban de ocuparlo y transformarlo para aprovechar su atractivo turístico. Explora, además, el drama de la soledad y desamparo de un hombre fugitivo y aislado. Describe la lucha constante contra los peligros del pantano, la conciencia de ser víctima de una situación injusta y el profundo dolor que anida en su ánimo. La atmósfera que la película crea en el pantano es absorbente y con un sentido pictórico de las composiciones magistral.

Aguas pantanosas narra la historia de un hombre condenado a muerte injustamente que ha huído de la justicia y se ha refugiado en un peligroso pantano cercano.

Dicho fugitivo personaje contrae amistad con un joven del pueblo cercano al pantano. Lugar que aparece como el paraíso perdido, en el que el orden establecido funciona sin fallos. La supervivencia es una ley justa, no hace excepciones.
En cambio, en el pueblo cercano, se condena a hombres injustamente, existen prejuicios, odio, mentiras y crímenes.
La dificultad de acceso hace que el pantano se erija como muralla infranqueable para la civilización. El fugitivo conserva, al conocer al joven con el que contrae una amistad paterno-filial, esperanzas en la bondad de algunos humanos de ese mundo civilizado que tan injusto ha sido con él.
Se nos muestra así una reflexión sobre la inocencia perdida, sobre la artificialidad de la vida civilizada y sobre la vida en la naturaleza.

Aguas pantanosas muestra este telón de fondo (dicotomía entre naturaleza como paraíso de inocencia perdida y civilización generadora de mayores peligros que los naturales), pero es también un filme de aventuras de bellísima factura, de insinuaciones fugaces que enriquecen su planteamiento, dotado de dosis de embriagadora sugestividad proporcionadas por su autor Jean Renoir (El cual, de manera magistral, utiliza los escenarios plástica y dramáticamente) y profundamente lírico, poseedor de una belleza poética que sobrepasa el mero lenguaje cinematográfico.

Filme sintético, embriagador, de una riqueza inesperada, dotado del raro secreto de la serenidad narrativa, Aguas pantanosas permanece como un mundo virgen para los espectadores.